براساس گزارش پایگاه اطلاع رسانی شواری عالی حوزه که اخیرا فعال شده است ، شرح وظایف و اختیارات«مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه» و «شرح وظایف مدیر حوزه‌های علمیه» طی مصوبات شماره 622 و 623 شورای عالی حوزه‌های علمیه تصویب و ابلاغ شد.
این شورا در مصوبات شماره 622 و 623 خود ، شرح وظایف و اختیارات مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه را در 59 بند و شرح وظایف مدیر حوزه‌های علمیه رادر هجده بند معین و ابلاغ کرده است.
بر اساس مصوبه 622 شورای عالی حوزه‌های علمیه، مشارکت و همکاری با شورای عالی در تهیه و تدوین سیاست های کلان و سند راهبردی حوزه‌های علمیه، تدوین برنامه‌های بلندمدت، میان‌مدت و کوتاه‌مدت در راستای اجرای سیاستهای شورای عالی و پیشنهاد آن به شورای عالی جهت تصویب، مطالعه، طراحی، استقرار و بهینه‌سازی نظام های جامع آموزشی، پژوهشی، تبلیغی، تهذیبی و تربیتی، اداری مالی، خدماتی و معیشتی، فن‌آوری اطلاعات، عمرانی، آمار و اطلاعات حوزه‌های علمیه، بر اساس نیازها و مزیت های حوزه علمیه و پیشنهاد آن به شورای عالی جهت تصویب، مشارکت در فرایند سیاست‌گذاری و برنامه‌ریزی آموزشی دینی کشور، برنامه‌ریزی جهت اجرای صحیح برنامه‌ها، مصوبات، ابلاغیه‌ها و دستورالعمل‌های شورای عالی حوزه‌های علمیه و برنامه‌ریزی جهت ارتقای سطح کارایی و اثربخشی سیستم مدیریت حوزه علمیه در ستاد و صف به عنوان برخی از وظایف و اختیارات مرکز مدیریت‌ حوزه‌های علمیه برشمرده شده است.
پیشنهاد طرحهای توسعه آموزش و واحدهای آموزشی حوزوی، پیشنهاد برنامه‌های درسی حوزه علمیه به شورای عالی، تعیین ظرفیت پذیرش حوزه‌های علمیه، برنامه‌ریزی برای جذب، گزینش، ارزشیابی تحصیلی طلاب ایرانی و غیرایرانی و صدور مدارک تحصیلی آنان، تهیه و تدوین متون آموزشی، کمک‌آموزشی و سایر کتب مورد نیاز در راستای انجام وظایف محوله و انتشار آن، برنامه‌ریزی برای تربیت نیروی انسانی برای استنباط در علوم حوزوی، تدوین تقویم تعطیلات سالانه حوزه، پیشنهاد طرحهای سامان‌دهی و توسعه پژوهش و واحدهای پژوهشی حوزوی در سطح ملی و بین‌المللی از دیگر وظایف و اختیارات مرکز مدیریت‌ حوزه‌های علمیه عنوان شده است.
بر اساس این گزارش، مصوبه 623 شورای عالی حوزه‌های علمیه شرح وظایف مدیر مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه را هدایت، نظارت و اداره کلیه فعالیت های مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه، هدایت و نظارت بر فعالیتهای مدیریت حوزه‌های علمیه استانی، ایجاد ارتباط سازمانی مناسب بین مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه و مدیریت حوزه‌های علمیه استانی، ایجاد هماهنگی و ارتباط سازمانی مناسب بین حوزه‌های علمیه استانی و توزیع مطلوب امکانات مادی و معنوی بین آنها، ابلاغ مصوبات شورای عالی به معاونت ها، دفاتر و ادارات مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه و مدیریت های حوزه‌های علمیه استانی و نظارت بر حسن اجرای آن، ابلاغ آیین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌ها و بخش‌نامه‌های اجرایی مرکز مدیریت، امضای مدارک علمی حوزه علمیه، مسؤولیت امور مالی، قبول تعهدات،‌ پرداخت دیون و اسناد مالی در چارچوب آیین‌نامه مالی و معاملاتی، معرفی کرده است.
این مصوبه حفظ و استیفای تمام حقوق مرکز مدیریت، انعقاد قراردادهای لازم با نهادها، شرکت در جلسات شورای عالی، درخواست تشکیل جلسه فوق‌العاده، پیشنهاد قائم‌مقام، معاونین مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه و مدیران حوزه‌های‌ علمیه استانی به شورای عالی و عزل و قبول استعفای آنان، تأیید معاونان حوزه‌های علمیه استانی، انتصاب سایر مدیرانی که به موجب قانون، در اختیار مدیر مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه است، اعلام تعطیلات حوزه و ارائه گزارش فعالیت مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه و حوزه‌های علمیه استانی به شورای عالی را از دیگر وظایف مدیر مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه بیان کرده است.

شورای عالی حوزه علمیه قم عالی ترین مقام تصمیم گیری درباره سیاست های کلان مدیریت در حوزه علمیه قم محسوب می شود.
قبل از تشكيل و تاسيس شوراي عالي حوزه علميه قم، امر سياست گذاري حوزه هاي علميه بر عهده شوراي مديريت حوزه علميه بود. اين شورا در سال 1360 تشكيل و تاسيس شده بود . طرح تشكيل شوراي عالي حوزه علميه و مركز مديريت حوزه علميه... را مطرح فرمودند كه متعاقب آن اولين دوره شوراي عالي با پيگيري جامعه مدرسين و پس از تاييد مراجع تقلید در سال 1371 آغاز به كار كرد.
اعضای شورای عالی حوزه علمیه نه نفر می باشد که آیت الله یزدی به عنوان ریاست شورای عالی حوزه قوانین مصوب را ابلاغ می کند.